Первое известное описание д. Чекуево относится к 1566 году: На Онеге ж на острове волостка Чекуево, а неи деревни тяглые:

дер. Чекуево: в. Иванко Мартемянов; в. Федорка Федорова доч; в. Гридка Кузмин. Пашни полторы обжы.

…

После возникновения на острове Кий, Крестного монастыря, волостка Чекуево, как и многие другие, стала его вотчиной.

Так же с. Чекуево известно как с. Мардинское, центр Мардинской волости.

Жители - крестьяне занимались земледелием, скотоводством, различными деревенскими ремёслами, рыболовством, отходничеством (работали за пределами своей волости). Были и зажиточные крестьяне, занимавшиеся торговлей, имевшие мельницы или небольшие кожевенные заводики.

После открытия железнодорожной дороги Вологда-Архангельск (1896 г.), от станции Обозерская был проложен тракт через Чекуево до Онеги. У местных жителей появилась дополнительная возможность заработка – перевозка грузов на своих лошадях или в качестве извозчиков в обозах.

К началу ХХ столетия Чекуевская волость была процветающая, густонаселённая, активно развивающаяся, с развитой общественной жизнью.

В 1922 году в с. Мардинское (Чекуево) был 41 двор, в которых проживало 236 человек. В 1924 году был образован Чекуевский сельский Совет. В 1929 по 1931 год с. Чекуево было центром Чекуевского района

В период коллективизации, в 1930 г. здесь был создан колхоз «Пионер». 7 августа 1950 года в результате укрупнения колхозов был образован колхоз «Путь к коммунизму». 5 октября 1961 года был организован совхоз «Чекуевский».

Здесь находилась средняя школа, магазины, дом приезжих, почта и другие государственные учреждения.

Во второй половине ХХ века село Чекуево потеряло своё значение.

В 2004 году, на шесть постоянных хозяйств, приходилось всего двенадцать человек.

На 2018 год в селе постоянно проживает всего один человек.